Esto normalmente pasa cuando tienes la opción "Optimizar Sitio Web" activado en tu cPanel.
Cuando activas esta función, estás activando la compresión Gzip en la cuenta, la cual comprime los datos transferidos entre el servidor y tu navegador, por lo cual los archivos .zip se comprimen nuevamente al descargarlos desde tu sitio web.
Para evitar esta situación, puedes desactivar la función de "Optimizar Sitio Web" en cPanel o puedes agregar una excepción en el archivo .htaccess en tu cuenta para que no use Gzip en los archivos con extensiones .zip.
Para hacer esto, simplemente edita (o crea un archivo .htaccess si no tienes uno) en tu directorio public_html con las siguientes líneas en el:
SetOutputFilter DEFLATE
SetEnvIfNoCase Request_URI \.(?:gif|jpe?g|png)$ no-gzip dont-vary
SetEnvIfNoCase Request_URI \.(?:exe|t?gz|zip|bz2|sit|rar)$ no-gzip dont-vary
SetEnvIfNoCase Request_URI \.pdf$ no-gzip dont-vary
SetEnvIfNoCase Request_URI \.avi$ no-gzip dont-vary
SetEnvIfNoCase Request_URI \.mov$ no-gzip dont-vary
SetEnvIfNoCase Request_URI \.mp3$ no-gzip dont-vary
SetEnvIfNoCase Request_URI \.mp4$ no-gzip dont-vary
SetEnvIfNoCase Request_URI \.rm$ no-gzip dont-vary
Eso prevendrá la doble compresión de los archivos zip y evitará la corrupción de los mismos.
