CloudFlare puede acelerar y proteger solamente registros CNAME. Ya que los dominios raiz son registros A, recomendamos que los sitios redireccionen el tráfico a 'www' usando .htaccess.
Si no puede redireccionar su tráfico, en ese caso todo tráfico a www.sudominio.com será acelerado y protegido por CloudFlare (y también listado en las estadísticas) y todo tráfico a midominio.com no pasará por Cloudflare.