Si has activado la autentificación de dos fases en la opción de tu WHM y por alguna razón no puedes acceder usando el codigo de autentificación de dos fases y el sistema te requiere constantemente la llave de de dos fases, puedes desactivar la opción de autentificación de dos fases accediendo por SSH como root, usa el siguiente comando:
cd /var/cpanel/authn/twofactor_auth
y renombra los archivos .json a cualquier otro nombre.
-rw------- 1 root root 55 Aug 16 11:29 issuer_userdata.json_renamed
-rw------- 1 root root 38 Aug 16 11:29 tfa_userdata.json_renamed
Ahora deberás poder acceder a tu WHM con tu usuario root y su contraseña, sin la llave de dos fases, el sistema no debería pedirte dicha llave.