En forma predeterminada la codificación de caracteres de la base de datos MySQL es latin1 pero puedes cambiar esto mediante tu código de programación.
Para cambiar la codificación de caracteres en las consultas de la base de datos, debes agregar las siguientes líneas despues de la rutina de conexión en tu código:
mysql_query(mysql,"SET NAMES 'utf8'"); /* note los apostrofes: 'utf8' */
mysql_query(mysql,"SET CHARACTER SET utf8"); /* sin apostrofes */
Por favor, para mayor información consulta el manual de MySQL (http://www.mysql.org).