Algunas veces instalas Drupal en el directorio raíz de tu cuenta. Esto ocasiona que Drupal controle todo el contenido del directorio raíz, por lo cual si quieres instalar otro script o agregar contenido dentro de una carpeta creada por ti y luego tratas de visitar dicha carpeta, por ejemplo http://midominio.com/jose el mismo le muestre la pagina de error 404 "Page not found" de Drupal. Para evitar esto y excluir dicho directorio de la administración de Drupal, simplemente agrega la siguiente línea en el archivo .htaccess de Drupal.
En la siguiente sección del contenido del archivo .htaccess de Drupal:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/favicon.ico RewriteRule ^(.*)$ index.php?q=$1 [L,QSA]
agrega la línea adicional con el nombre del directorio (en el ejemplo "jose") que quieres excluir:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/favicon.ico
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/jon/.*$
RewriteRule ^(.*)$ index.php?q=$1 [L,QSA]