En estos días el SEO es importante para un buen posicionamiento en los buscadores.
Google y muchos otros buscadores pueden etiquetar tu página principal como duplicado si encuentran que se muestra el mismo contenido en:
http://www.tusitio.com
o
http://www.tusitio.com/index.html (o index.php, etc.)
Para prevenir esto, puedes usar el siguiente código en tu archivo .htaccess
RewriteEngine On
# Remove index.
RewriteCond %{THE_REQUEST} \ /(.+/)?index(\?.*)?\ [NC]
RewriteRule ^index.html$ http://www.sudominio.net/%1 [R=301,L]