Usamos versiones seguras multi-php en nuestros servidores de alojamiento web cPanel.
Puedes correr programas o comandos de PHP sobre cron jobs de diferentes maneras segun tus necesidades, ya sea como PHP CLI o PHP CGI
Para correrlo como CGI usa este formato:
/usr/bin/php /home/username/public_html/script.php
Para correrlo como CLI usa este formato:
/usr/bin/php-cli /home/username/public_html/script.php